質問を頂き、私もはじめそのことで少し躓いたことがあったので軽く記事にしておきます。
これはGPD WIN特有の事なのですが、いくつかのエミュレータでボタン設定時にボタンを押しても反映されないという事がたまにあります。
これの解決方法です。
エミュレータを起動させる前に必ず「マウスモード」から「ゲームモード」にスイッチを変えてください。
マウスが別途ない方はタッチパネルで操作しましょう。
そしてエミュレータを起動させ、ボタン設定をしてください。
他のエミュやＰＣゲームではボタンが反応しているのに、一部のエミュでボタンが反映されない場合はコレが原因の時が多いです。
多分、エミュ起動時にマウスモードにしていると、エミュレータがゲームパッドがない、と判断してしまうのでしょうね。
ただ、パソコンやエミュ、特に特殊なGPD WINなどはエラーの可能性は星の数ほどあり、これが全てではないので、これでも動かない場合はディスカッションが頻繁な海外サイトなどを参考にする事をお勧めします。